水污染问题日趋严重，但世界范围都缺少行之有效的解决方法。中国科学院生态环境研究中心研究员李叙勇表示，经政府和民间组织测算，到2020年，治理城市水污染中的黑臭问题需要4万亿-5万亿元资金，大部分地级市需要100亿-300亿元，但地方政府资金方面存在短缺。
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中国科学院生态环境研究中心研究员李叙勇在11月2日香港举办的“水源地保护专家座谈会”上做出上述表述。他补充说：
水治理属于长效工程，过往的模式为“就水治水”，不治理土地，令水污染问题反复出现。李叙勇表示，国家倡导的PPP（政府与社会资本合作）模式是水环境治理的解决方案之一，但PPP体量虽然庞大，参与的多是国企及央企，钱仍然来自政府，民间资本并未被充分调动。
大自然保护协会（TNC）中国项目首席科学官张小全表示：
可引入“水基金”的方法，通过捐赠人及下游用水方筹集资金，提供民间资本，保护及改善上游水源。他认为，“水基金”是一种生态治水的方式，下游水使用方筹集资金，用于上游流域实施保护、规划和管理，同时预留留本基金支持运作，投资方可享受水质改善带来的回报。
目前TNC在全球有29个水基金项目正在运作，30个项目正在筹划，主要集中在南美、拉美地区，涉及流域面积2895平方公里，资金体量达2亿美元。
南美基多水基金项目地 摄影：©Bridget Besaw
除水基金这一模式外，老牛基金会创始人，TNC大中华理事会副主席牛根生认为为了让更多人喝上‘好’水，应有效整合多方资源，更好地调配水资源。他建议将饮用水和生活用水分开供应，以免饮用水过度浪费。
中科院2015年曾发布一份报告，东部密集人口地区的抗生素排放量强度是西部的6倍以上，其中京津冀海河流域、长江和西江是全国抗生素排放量最大的区域，珠江单位面积的抗生素含量全国第一，受污染最严重的包括广东、江苏、浙江、河北等经济相对较好区域。此外，与国外相比，中国河流的总体抗生素浓度较高，平均为303纳克／升，美国则为120纳克／升，意大利为9纳克／升，德国为20纳克／升。
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牛根生认为：
从这一受污染的地域分布上看，可将较少受污染、人口分布稀疏的高品质水引向人口密集、水污染严重的地区，加上“西气东输”等工程的出现，令水资源调配的出现存在可行性。他还建议，在推进过程中，将饮用水、植物灌溉及牲畜喂养用水，与工业、生活用水分开，先让老百姓喝上洁净的水。
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